德瑞克(爱德华•诺顿 Edward Norton 饰)的父亲在他很小的时候就被一名黑人毒贩射杀,从此给他幼小的心灵埋下了仇恨的种子。原来德瑞克功课很好,是老师眼中的好学生。但自从父亲遇难后,他就将一切心机都放在了对付有色人种上面。他积极组织起一帮白人青年混混,到处和有色人种对着干。一次,他射杀了两名黑人,因此入狱。
入狱后,德瑞克加入了一伙新纳粹的白人。后来,因工作关系他和一名黑人成了好友,他开始反思自己的过去。当他意欲脱离狱中新纳粹组织时,遭到了拳打脚踢。德瑞克出狱后,决心和以前自己组织的帮会脱离关系,带着弟弟远走他乡开始新的生活。
谁也不曾想过,七十年前那期神秘的罗斯威尔事件,时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌,即使它就在那里。某天,过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们,希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机,关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德,在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。