《干支魂》是以十二生肖以及猫化的美少女们为故事主轴，描述拥有动物姿态、被干支神选上的使者“干支娘”们，将会透过每60年一次的干支神选拔赛“ETM 12”选出守护日本的神圣代表。而今年的她们为了成为干支神而聚集在秋叶原。在这之中，有位叫做“小喵”的猫型干支娘，因为跟老鼠的孽缘因而碰到连串悲惨际遇的她， 究竟最后是否能如愿成为干支神呢？小喵与干支神们的日常战斗生活就此展开！

时间是1968年，当学生运动愈演愈烈之际，某大学的医学部出现了一个奇怪的男子。他有着黑白相间的头发，全身到处都是伤痕，而带着伤疤的脸也成为注册商标。这个男人为了获得医师资格证而学习，他的名字是间黑男，并且他通过自己天才的能力，创造了无数的奇迹。并且被后人称为黑杰克。

小桥若叶（小泽亚李 配音）是含着金汤匙出生的千金大小姐，从出生那一刻起就过着锦衣玉食的尊贵生活。这样的她本来可以进入贵族学校水莲女学院，和许多同她一样的千金一起学习生活，却因为成绩实在太差而考入了普通的女子高中。就这样，完全不谙世事，对成为辣妹有着无限幻想的若叶成为了一名普通的女高中生。

1989年，日本。 　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。